به گزارش بازار، علایی از فرماندهان سپاه و وزارت دفاع در دو دهه اول انقلاب بوده اما در دو دهه اخیر بیشتر فعالیت‌های سیاسی داشته است. او در انتخابات سال ۱۳۸۸ حامی میرحسین موسوی بود و از آن پس کاملا به چهره مورد علاقه اصلاح‌طلبان تبدیل شد.
حسین علایی در دی ماه سال ۱۳۹۰ مقاله‌ای در روزنامه اطلاعات به چاپ رساند و نظام مقدس جمهوری اسلامی را به رژیم پهلوی تشبیه کرد. اعتراضات به این مقاله تا حدی بالا گرفت که روزنامه اطلاعات مجبور به عذرخواهی از چاپ این مقاله شد و اعلام کرد بدون مطالعه آن را چاپ کرده است.
او در دولت حسن روحانی مدیرعامل شرکت هواپیمایی آسمان بود که پس از سقوط یکی از هواپیماهای این شرکت و مرگ ۶۵ نفر از مسافران و خدمه هواپیما مجبور به استعفا شد.